菌丝是肉眼难以看到的微细物，这种微细物是菌类的本体，菌丝释放出菌类特有的酵素来分解有机物，再还原为无机物。自然界的还原作用就是靠菌类来进行，如果地球上不存在菌类，就无法进行还原运动，地球就会被无法分解的 。

有机物所掩埋，菌类借着分解作用，具有调整生态系环境的功能。

菌丝释放酵素进行分解的化学反应，不仅在地上外界，在生物内也成为维持生命的根本作用。比如我们所吃的食物，不可能直接成为肉体的一部份，必须先借着酵素而分解为氨基酸，经肝脏合成为制造人类肉体的物质。

菌丝细胞壁的主要成份是称为甲壳质的食物纤维。

此外，还有纤维、果胶、B1.3葡萄糖等多种碳水化合物或多糖类。像灵芝、冬虫草、猴头菇等藫类、自古以来就被视为高贵的药物，其效能多半隐藏在菌丝中。

同时，依藫类的不同，功能效果也不一样。

菌丝体能使生物体防御机能活性化，有调理生理机能的作用。

世界上的医学研究者注意菌类，并顷全力进行研究，这就是因为菌类具有无数的药效成份。

灵芝子体所需要的构成物质，有一半以上的营养物质来源于菌物中所贮存的养分。所以，灵芝菌丝体的营养含量一般比子实体高出许多倍。