肠内细菌大体上又可分为三类，第一类为常住细菌群，这部分细菌在漫长的生物进化过程中与宿主互相适应、驯化，而不被机体的免疫防御系统所排斥，与宿主间形成比较稳定的共生关系；第二类是一过性菌群，这部分细菌一般不在肠道中长时间停留，菌数也比较低，只有在机体健康状态不良时才异常增殖，但很快又被排斥掉；第三类是一些病原菌，这部分细菌的数量通常极少，一般仅在机体的防御机能被破坏后才异常增殖，引起病变。

肠内菌群存在着个体差异，这必然使个体对药物的代谢、吸收和排泄存在差异，通过血液送达目标脏器的化合物的类型和含量都存在着差异。因此在口服某些中草药时，应视个体的身体状况，包括疾病情况、年龄、饮食、情绪、气候等，检验分析其肠内菌群，决定服用的药品与剂量。

肠肝循环：肠内正常菌群对药物的代谢能力十分强大，在许多方面超过肝脏。其代谢途径常见于口服给药或通过肠粘膜分泌及胆汁排泄而进入肠腔的药物。因此，肠内菌群所进行的药物代谢反应也是造成口服给药与胃肠外给药时，药物代谢命运不同的主要因素之一。中药是一种多成分体系药物，多以口服形式给药，肠内正常菌群在中药代谢上起的作用更重要。日本小桥恭一研究结果表明：中药经口服后主要是在消化道下部受肠内菌群加工、改造后，经肠道选择吸收入肝脏。其中的一部分随血液循环运送到身体各脏器，直接或间接地影响生理活性物质的变化而产生药效。其余部分代谢物质被排泄于胆汁之中，再次进入肠管与肠内菌群接触。这一过程为中药成分的肠肝循环。

中药与西药不同，西药一般都是单体化合物，在肠道内吸收一般与肠道细菌并没有多大关系。中药则不然，成分复杂，有机物多，有许多成分会在肠道内受到微生物的作用。例如苷类物质，常为中药所含的活性成分，如人参中的人参皂苷，黄芪中的黄芪甲苷，大黄的有效泻下成分大黄蒽苷，龙胆或秦艽中所含龙胆苦苷等，但这些苷类化合物由于分子量大，亲水性高，是不易被肠道吸收的，它们必须在肠道内被微生物水解成苷元，苷元才是被肠道吸收起药效作用的物质。

为什么中药对于有些人有效，对有些人疗效不好，往往有较大的差异，除体质因素之外，每个人肠道微生态菌群的差异也是重要因素，笼统而言就是与脾胃功能有关。故善补者，必先调理脾胃。试想，如果吃了人参、黄芪，而人参皂苷不能转化为苷元，黄芪分解不出黄芪甲苷元，则起不到滋补作用。不仅滋补药如此，其他药也有类似情况，服用大黄，常发现有耐受现象。开始很有效，以后必须增多剂量，否则逐渐失去泻下作用，为什么？近年来的研究认为，主要是因为大黄抑制了肠道菌群的生长繁殖，因而没有足够的细胞把蒽苷分解为苷元了，而直接起泻下作用的是苷元——大黄酸而不是蒽苷，所以泻下作用就减弱了。龙胆苦苷，过去认为是秦艽、龙胆抗炎、保肝作用的主要有效成分。但近年来研究发现，其抗炎作用的强度与血中龙胆碱、龙胆醛的含量呈正相关，而不是同苦苷本身呈正相关，而龙胆碱、龙胆醛，是龙胆苦苷分解出的苷元的代谢物。

苷类是中草药代谢的研究重点：苷类（配糖体）多数为药物前体，发挥药效的主体物质一般都是苷元（配糖基），其含糖部分被切掉。苷元，乃至苷元的进一步还原物被吸收，进入血液循环，发挥其药理作用，是真正的药理活性成分。

以上种种事实说明，中药中的成分并不一定就是中药中真正起作用的成分。这是近年来发展起来的中药血清药理学的主要理论基础。也说明了肠道中微生态与中药作用的密切关系。